Un difetto del genere probabilmente dipende da una siliconatura troppo grassa sul fondo, che non sei riuscito a schiacciare bene.
Lascia asciugare una settimana, e riempi con attenzione.
Ho avuto anche io difetti del genere, ma non mi hanno dato problemi, eccetto che una volta proprio perché il silicone non si era asciugato.